参考文献の引用形式を上付き1)などに変更

10.4.1 cite と overcite パッケージを使う方法
参考:http://www.biwako.shiga-u.ac.jp/sensei/kumazawa/tex/overcite.html
overcite パッケージを使用して実現可能。
例えば、こういう風に [2] 使う
プリアンブルに以下を記述することで引用時のスタイルを指定する。
\usepackage{cite,overcite}
\renewcommand\citeform[1]{#1)} % BibTeXを使わない引用を上付1)にする

10.4.2nabtib パッケージを使う方法
参考:http://www.f.waseda.jp/otoguro/bibtex.html
bib 文献データベースと BibTEX を使っており、natbib パッケージを使って本文に掲載する場合は、natbib のマニュアルにあるように\setcitestyle で設定可能。
% \setcitestyle{%: natbibの引用スタイルの指定 [130420]
%% 1: 引用モード: authoryear, number, super
%% 2: ブレース: round, squareかopen=文字,close=文字
%% 3: 引用間: semicolon, comma, citesep=文字
%% 4: 著者と年の間: aysep=文字
%% 5: 共通の著者の年の間(一度の複数の文献を引用するときの間): yysep=文字
%% 6: 後の文字の前の文字: notesep=文字
% \setcitestyle{authoryear,round,comma,aysep={;},yysep={,},notesep={,}}% default
% \setcitestyle{super,open=,close=)}% 上付の1)形式

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