フォルダの方がディレクトリより大きい概念。
ファイルシステムの用語としてのディレクトリは、純粋にディスク上のファイルの保存場所を意味します。
それに対してフォルダは、ファイルの保存場所だけでなく、「オブジェクトの入れ物」という、より広い意味を持ちます。
たとえばWindowsにある「マイネットワーク」フォルダは、実際はマイネットワークというディレクトリではありません。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q127753457
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